Protagonista di questo manga è Sakura Kinomoto, una bambina di 10 anni che frequenta la quarta elementare della scuola "Tomoeda".  I suoi giorni trascorrono tranquillamente, fin quando, trova nella libreria del padre un misterioso libro, intitolato "The Clow". 

Incuriosita decide di aprirlo, ma appena lo fa, le carte contenute al suo interno come per magia si disperdono in tutta la città. Il guardiano del libro, Kerberus, si risveglia e accortosi del fatto, incarica Sakura di recuperare e sigillare le Clow Card create dal potente mago Clow Reed, prima che una catastrofe colpisca questo mondo... 

E' così che ha inizio la sua avventura di Card Captor.... di numero in numero, la giovane protagonista cercherà di adempiere alla sua missione, grazie al prezioso aiuto di Kero-chan (Sakura chiama Kerberus in questo modo), di Tomoyo, la sua migliore amica e di Shaoran, discendente del mago Clow Reed, giunto da Hong Kong per recuperare le carte...