Sakura Kinomoto è una ragazzina di 10 anni che frequenta la quarta elementare "Tomoeda" insieme all'amica Tomoyo. 

La sua vita tranquilla cambia nel momento in cui apre un magico libro "The Clow" contenente delle carte magiche e un buffo animaletto giallo. Il suo nome è Kerberus, chiamato amichevolmente da Sakura, Kero-chan. 

Lui è il guardiano delle carte, che la invita a recuperare le cards disperse per la città dopo l'apertura del libro altrimenti incomberà sulla terra una catastrofe. Le spiega che le carte create dal suo padrone Clow Reed,il mago più potente del mondo, sono vive, possiedono un'anima e una propria volontà in grado di combinare diversi guai.

Alla ragazzina viene consegnata la chiave del sigillo che fungerà da scettro e verrà investita della nomina di Card Captor. Ad aiutarla in quest'impresa ci penseranno la cara amica Tomoyo, procurandole i vestiti per ogni combattimento e riprendendola sempre con la sua telecamera, Kero-chan e in seguito Li Shaoran, diretto discendente di Clow Reed. 

Il ragazzino inizialmente non sarà favorevole alla nomina di Sakura non ritenendola degna di un così importante ruolo ma poi l'accetta.

Entrambi sono infatuati di Yukito, migliore amico di Touya fratello maggiore di Sakura. 

Tra scontri tra Sakura e Li per la cattura delle carte e l'amore di Yukito, si arriva alla cattura delle due carte fondamentali (fuoco e terra) per far sì che Kero-chan riacquisti le sue vere sembianze (un possente leone alato). Dopo la cattura dell'ultima carta (la terra) si risveglia in Yukito il giudice Yue, l'altro guardiano delle Clow Cards. 

Il compito di Yue è quello di giudicare se la ragazza è degna di essere la nuova padrona delle carte.

Ad aiutarla durante il giudizio finale  ci penserà Kaho Mizuki, sacerdotessa nonché supplente di matematica di Sakura, consegnandole la campana magica. 

Con l'ausilio di quest'ultima, Sakura riuscirà a farsi accettare da Yue come sua nuova padrona. 

Dopo un chiarimento da parte di Kaho si scoprirà che l'attrazione di Li nei confronti di Yukito era dettata dalla forza di attrazione della magia dei due, derivata dalla luna. 

Con il numero 6 termina la prima parte del manga. 

Con il numero 7 inizia la seconda serie dove verranno svelati alcuni misteri restati in sospeso durante il corso della storia.  Nella prima scena s'intravede, durante un sogno premonitore di Sakura, un'ombra, una misteriosa persona che si rivelerà essere il suo nuovo e più temibile nemico. Questo misterioso personaggio è  Eriol, nuovo compagno di classe della protagonista. Eriol sembra essere un ragazzino come tanti altri, ma in realtà in lui si cela la reincarnazione del potentissimo mago Clow Reed.  

Quest'ultimo per svolgere la sua misteriosa missione viene accompagnato da Rubby Moon e da Spinel. Rubby Moon è un essere asessuato che frequenta la stessa scuola di Touya. 

Qui si presenta come una ragazza e si diverte tantissimo a stare sempre appiccicata al ragazzo. 

Rubby Moon è l'opposto di Yue.

 Spinel Sun, invece, è una tigre nera con ali trasparenti in grado di assumere le sembianze di una pantera nera con ali da farfalla, controparte negativa di Kerberus. 

Per combattere questo nuovo nemico più potente, Sakura non riuscendo più ad utilizzare la magia delle carte, in quanto create dallo stesso Clow, dovrà trasformare le cards in cards di Sakura usando la magia delle stelle, la sua magia,  quindi il suo scettro si trasformerà da chiave del sigillo a chiave della stella. Tra uno scontro e l'altro, Sakura, finalmente, riesce a rivelare i suoi veri sentimenti a Yukito. 

Quest'ultimo però le farà capire che in realtà l'amore che prova nei suoi confronti è solo affetto, lo stesso che si può provare per un padre.

La prima persona che conforterà Sakura da questa delusione è Shaoran. Il ragazzino è sempre più innamorato di Sakura, ma, la sua timidezza, ma anche la paura, non gli permetterà di dichiararsi. 

Intanto, Yukito nel cui corpo si cela il giudice Yue, rischia di scomparire, poiché i poteri di Sakura non sono in grado di mantenerlo in vita. Touya, che fin dall'inizio, ha capito che Yukito/Yue non è un normale essere umano, decide di donargli tutta la sua forza magica. 

Yue, all'inizio, è perplesso.  Touya lo convince, per lui è importante anche Yukito, aggiungendo che nel momento in cui gli donerà i suoi poteri, non sarà più in grado di sentire i pericoli in cui incorre la sorella e non potrà più percepire la presenza della madre, ma gli fa promettere di proteggere la sua sorellina. 

Yue accetta, e subito dopo, prende la forza magica di Touya, in questo modo, la vita di Yukito e Yue è salva...

Finalmente, Sakura, è riuscita a trasformare quasi tutte le carte in Sakura Card, per completare il mazzo le mancano solo "The Light" e "The Dark", e la sua magia è diventata sempre più potente. 

Lo scontro finale ha inizio. Eriol si presenta davanti a Sakura come suo nemico. 

Il ragazzino con la sua magia, fa calare la notte su tutta la città, provocando il sonno in tutti gli abitanti.  Finalmente Sakura scopre la vera identità di Eriol, in lui si cela l'incarnazione del grande mago Clow Reed!

La ragazzina sarà costretta a combattere con l'aiuto di Kerberus e di Yue contro Eriol, Rubby Moon e Spinel, in modo tale da sconfiggerlo entro l'alba altrimenti tutti gli abitanti dormiranno per sempre. 

Sakura dovrà trasformare le ultime due carte, "The Light" e "The Dark", in Sakura card. 

Queste card sono le più potenti del mazzo e i due guardiani, Kerberus e Yue, cercano di aiutarla entrando nello scettro in modo da donarle i poteri per trasformarle. Sakura inoltre, verrà aiutata anche da Shaoran. 

Nel momento in cui si rende conto che anche Li sta per cadere addormentato per sempre, per paura di non rivederlo più, sprigiona tutta la sua forza e riesce a trasformare le due ultime carte e a salvare tutta la città...

All'improvviso compare alle spalle di Sakura suo padre. Stupore generale, com'è possibile che non si sia addormentato come tutti gli altri?

A questa domanda risponderà Eriol e spiegherà che su Fujitaka la sua magia non ha alcun effetto perché è l'incarnazione di un altro Clow. 

Il motivo di tutto ciò è da ricercarsi nel fatto che Clow  Reed quando era ancora in vita era in difficoltà per il fatto di possedere un potere magico troppo potente e non considerava tanto bello vivere sapendo tutto del futuro. Perciò poco prima di morire ha diviso in due la sua anima; una metà dentro di se e l'altra in Fujitaka.

Eriol spiega che non ha potuto dividere anche la sua magia in due parti nonostante avesse un così grande potere magico quindi per riuscire nel suo intento ha dovuto aspettare il momento in cui avrebbe incontrato una persona in grado di creare una magia più potente della sua, ossia la magia della stella di Sakura.

A tal fine chiederà alla ragazza di dividere la memoria e la forza magica tra lui e Fujitaka.

Siamo ormai giunti alla conclusione... qui sotto trovate un dettagliato riassunto del dodicesimo volume, l'ultimo numero, incentrato sulle vicende sentimentali dei protagonisti.

Il volume inizia con l'entrata in scena di Kaho Mizuki, ritornata  dall'Inghilterra, che dopo essersi congratulata con Sakura le rivela di essere sempre stata a conoscenza della vera identità di Eriol dopo averlo conosciuto tempo prima in Inghilterra. A scuola, Eriol informa i suoi compagni di classe che dovrà partire per l'Inghilterra. Finite le lezioni, Sakura si incontra con Shaoran.

La ragazzina gli chiede se tornano a casa insieme e poi gli chiede cosa le doveva dire il giorno precedente. Shaoran prende coraggio e guardandola dritta negli occhi gli rivela "Tu....a me .....tu mi .....PIACI..... A me piaci più di chiunque altro.....quello che volevo dirti era soltanto questo". Sakura è sorpresa e imbarazzata per l'improvvisa dichiarazione del ragazzino. Non appena ritorna a casa, si reca subito in camera sua e si nasconde sotto le coperte. 

La ragazzina inizia a ripensare alle parole di Syaoran e si chiede cosa provi per lui.

Sakura: "Mi piace... perché è un amico?.... Solo questo?... No... però.. questo sentimento è diverso  da quello che provavo per Yukito... chissà che cosa sarà questo sentimento... Shaoran". 

Il giorno successivo, Sakura e Tomoyo vanno a casa di Eriol a fargli visita. Kaho consegna tre regali alle due ragazzine, uno di quelli è anche per Shaoran. Sakura prende il pacchetto del ragazzino e si impegna a consegnarlo.

Prima di lasciare la casa di Eriol, Eriol le si avvicina e le dice: "Quando accadrà di nuovo la stessa cosa, quando una persona che ti sta vicino andrà in un posto lontano, rifletti bene sui tuoi sentimenti e vedrai che sarà completamente diverso dal mio caso, solo allora saprai chi è la persona che ti è più cara".

Non appena le due ragazzine lasciano la casa, si scopre che Eriol e Kaho sono innamorati...

Lunga la strada, Tomoyo e Sakura parlano. Sakura prova a dirgli che Shaoran si era dichiarato, ma è Tomoyo a dirlo, chiedendole se gli avesse dato qualche risposta.

Sakura: "Quando penso a lui, mi si stringe il cuore... e se provo a riflettere su quello che provo, mi batte ancora di più.... non ci capisco più nulla... anche se è quello che provo". Tomoyo l'ascolta sorridente e poi le dice che la risposta è già dentro di lei, "Manca soltanto la chiave per accorgertene".

Nello stesso istante, Shaoran riceve una telefonata dalla madre che lo invita a tornare a Hong Kong.

Sakura, si reca a casa del ragazzino. Non appena arriva, lo vede con alcuni uomini che procedono con il trasloco. Sakura è titubante. 

Shaoran non appena si accorge della sua presenza, si avvicina subito a lei. Sakura gli consegna imbarazzatissima il pacchetto che le aveva dato Kaho e poi senza guardarlo gli chiede chi si trasferisce.

Shaoran le risponde "Sono io... Torno a Hong Kong" Sentendo queste parole, Sakura è scioccata e tristissima. 

Shaoran le spiega che si è recato in Giappone per recuperare le Clow Card, ma ora che è riuscita a trasformarle in Sakura Card, deve ritornare nel suo paese. Sakura disperata gli chiede quando parte e lui le risponde "Domani". 

Shaoran appoggia la sua mano nella spalla di lei e le dice "Sono contento di essere venuto in Giappone.. perché... ho conosciuto... te" Subito dopo viene chiamato dagli uomini. 

Si allontana un attimo, ma quando, si volta, si rende conto che Sakura non è più lì.

Lungo la strada del ritorno, Sakura pensa che se Shaoran partirà, lei non lo potrà più vedere. La ragazzina tristissima inizia a piangere ma pian piano inizia ad essere sempre più cosciente dei propri sentimenti verso il ragazzino. 

Ritornata a casa, decide di cucire con le proprie mani un orsacchiotto per dimostrargli che lo ama. Sakura, lavora duramente tutta la notte per finire il regalo. 

La mattina seguente con l'aiuto di Touya (l'accompagna da Shaoran con la sua moto, anche, se la cosa non lo rende molto felice), si reca da Shaoran che ormai è sul pullman. 

Shaoran si affaccia dal finestrino, Sakura correndo gli si avvicina e gli da l'orsacchiotto dicendogli: "io...io ho capito i miei sentimenti! Ti voglio...ti voglio bene!". 

I due ragazzini si lasciano con la promessa che in futuro si sarebbero rivisti.

Sono passati ormai alcuni anni, e vediamo Sakura ormai cresciuta che si appresta ad andare a scuola. Ormai frequenta le medie..... Non appena esce da casa, come al solito in ritardo, all'improvviso incontra Shaoran......

"Ho finalmente finito con quelle faccende burocratiche ad Hong Kong.... da oggi in poi posso restare per sempre in questa città"

Sakura: "Non mi dovrò più accontentare delle lettere e del telefono, d'ora in poi staremo sempre insieme"

Dopo queste parole i due si abbracciano.