Protagonisti di Clamp Gakuen Tanteidan sono: Nokoru Imonoyama, Souh Takamura e Akira Ijuin, tre studenti del prestigioso Istituto Clamp. I tre ragazzini, oltre ad essere membri dell'associazione studenti della scuola elementare, rispettivamente presidente, segretario e contabile, sono anche dei giovani investigatori che cercano capitolo dopo capitolo di aiutare le belle fanciulle (dalle più giovani alle più anziane) in difficoltà. 

Il giovane Nokoru non può vedere le lacrime sul viso delle donne, quindi aiutato da Souh e Akira, capitolo dopo capitolo si impegneranno a recuperare le cose più strane, ricordandosi anche di svolgere i loro compiti di membri dell'associazione. 

Nel corso della storia, conosceremo meglio i tre protagonisti e le loro vicende. Scopriremo come si sono conosciuti Nokoru e Souh e per quale motivo quest'ultimo è la guardia del corpo di Nokoru. E di certo, non mancherà neanche l'amore, oltre ad Utako la giovane fidanzata di Akira, conosceremo meglio Nagisa, la migliore amica di Utako, innamorata e corrisposta da Souh.