La protagonista di questa serie è una dolce e ingenua ragazzina di nome Kobato Hanato, la quale desidera veramente tanto raggiungere un certo luogo e per far ciò dovrà collezionare le ferite dei cuori delle persone all'interno di una speciale bottiglia di vetro.Inizia così l'avventura di Kobato che per prima cosa viene sottoposta all'esame del “buon senso” da Ioryogi, uno strano cagnolino di peluche parlante che non si separa mai da lei, e che le permetterà di guadagnarsi la speciale bottiglia di vetro con la quale potrà iniziare la sua vera missione. Dopo ciò, infatti, la ragazzina inizia a cercare delle persone che siano state emotivamente ferite così da poterle “curare” e collezionare le loro sofferenze.

Proprio durante questa sua ricerca la giovane protagonista si imbatte in Sayaka e Fujimoto, rispettivamente la maestra e l'assistente dell'asilo Yomogi, e intuendo che entrambi nascondono delle “ferite” decide di farsi assumere nella loro scuola come assistente per poterli curare.

Riuscirà la dolce e gentile Kobato a realizzare il suo misterioso desiderio?