Le vicende narrate in Tokyo Babylon ruotano intorno a Subaru Sumeragi, un ragazzo di circa 16 anni che vive a Tokyo e frequenta l'Istituto Clamp.

Subaru non è una persona come tutte le altre, lui è il tredicesimo capofamiglia del clan Sumeragi, una delle più prestigiose e importanti famiglie di Onmyouji (maestri dello yin e yang) che da tempi antichi protegge la spiritualità del Giappone. Fin da bambino, Subaru ha dimostrato, a differenza della sorella gemella Hokuto, di avere un enorme potere spirituale per questo, di episodio in episodio, è chiamato a risolvere i misteri legati all'occulto. Ad aiutarlo ci saranno anche Hokuto e Seishiro. Hokuto è l'esuberante sorella gemella di Subaru che oltre a preparargli i vestiti, cercherà di incoraggiare e sostenere il fratello. Seishiro invece, è un veterinario di 25 anni che corteggia Subaru e lo salverà più di una volta dai pericoli derivanti dal suo mestiere.

Seishiro, anche se all'apparenza sembra innocuo, proviene dalla famosa famiglia di assassini dei Sakurazukamori, anch'essi maestri dello yin e yang.

Tutto sembra andare per il meglio, quando all'improvviso Subaru inizia a fare dei misteriosi sogni legati al suo passato. Chi è il ragazzo che vede nei suoi sogni e qual è la scommessa che ha fatto con lui?